Proces ewaluacji polityki spójności jest koordynowany przez Krajową Jednostkę Ewaluacyjną (KJE). KJE odpowiada za koordynację ewaluacji polityki spójności 2021–2027, realizację procesu ewaluacji horyzontalnych na poziomie Umowy Partnerstwa oraz koordynację i realizację działań mających na celu rozwój potencjału i kultury ewaluacyjnej.
Za realizację procesu ewaluacji FEWiM 2021-2027 odpowiedzialna jest Instytucja Zarządzająca FEWiM 2021–2027, a w jej ramach utworzona w tym celu Jednostka Ewaluacyjna FEWiM 2021–2027 (JE FEWiM 2021–2027), znajdująca się w Regionalnym Obserwatorium Terytorialnym w Departamencie Polityki Regionalnej Urzędu Marszałkowskiego Województwa Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Przy jej tworzeniu uwzględniono uwarunkowania umożliwiające właściwy przebieg procesu ewaluacji, tj.:
- zapewniono jej funkcjonalną niezależność (realizacja badań będzie przede wszystkim zlecana podmiotom zewnętrznym, poza tym Biuro bezpośrednio zaangażowane w ewaluację (Regionalne Obserwatorium Terytorialne) oraz osoba pełniąca nadzór funkcjonalny nad tym biurem (Zastępcaca Dyrektora Departamentu Polityki Regionalnej), pozostają poza systemem wdrażania i programowania FEWiM 2021–2027), 
- zaplanowano odpowiednie zasoby kadrowe, organizacyjne i finansowe do realizacji badań ewaluacyjnych,
- przewidziano warunki dla rozwoju potencjału ewaluacyjnego JE FEWiM 2021–2027 i innych jednostek/podmiotów zaangażowanych w proces ewaluacji FEWiM 2021–2027, 
- stworzono adekwatne procedury na potrzeby realizacji procesu ewaluacji w ramach FEWiM 2021–2027. 

Do głównych zadań Jednostki Ewaluacyjnej FEWiM 2021-2027 należy:
- opracowanie i aktualizacja Planu ewaluacji FEWiM 2021-2027 
- realizacja badań ewaluacyjnych zgodnie z Planem ewaluacji FEWiM 2021–2027,
- rozpowszechnianie wyników ewaluacji oraz koordynacja procesu wykorzystania jej wyników,
- organizacja prac Grupy Sterującej Ewaluacją FEWiM 2021-2027 
- współpraca z KJE przy przygotowywaniu dokumentów odnoszących się do realizacji procesu ewaluacji polityki spójności w Polsce,
- realizacja (także we współpracy z KJE) działań mających na celu rozwój potencjału i kultury ewaluacyjne, w szczególności w zakresie właściwości obszarów objętych interwencją FEWiM 2021–2027.